Akademie CZ.NIC působí rovněž jako akreditovaná vzdělávací instituce (AK/I-50/2013) pro vzdělávání úředníků územně samosprávních celků, pro které nabízí kurz Datové schránky. Lektorem tohoto kurzy je přední odborník v oblasti Internetu, telekomunikací a eGovernmentu – Jiří Peterka.

Druhým akreditovaným kurzem je Elektronický podpis a problematika veřejných klíčů (PKI), který vyučuje Pavel Vondruška, odborník na problematiku šifrování a certifikačních autorit.

V souvislosti s usnesením vlády č. 982 ze dne 18. prosince 2013 nabízí Akademie CZ.NIC kurzy Implementace IPv6 a DNSSEC – zabezpečení DNS.

Kurzů v Akademii CZ.NIC se v minulosti zúčastnili například zaměstnanci Ministerstva vnitra, Ministerstva průmyslu a obchodu či zástupci měst a obcí.